# Project 1: Human tissue models to study infectious diseases: Human 2D and 3D neural cultures for studying virus tropism and infection phenotypes.

> **NIH NIH U19** · MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY · 2021 · $629,176

## Abstract

To address a critical need for improved human tissue models to study infectious diseases, we propose to form  
the MIT Center for Human Tissues and Infectious Diseases (MIT.HTMID). The MIT.HTMID Center will study  
viral infections of the human brain and central nervous system by using biologically relevant two dimensional  
(2D) human neural cells and three dimensional (3D) human cerebral organoids. The cells are homogeneous  
preparations of human neuronal progenitors, neurons, oligodendrocytes, astrocytes, and microglia, derived  
from embryonic stem (ES) cells and induced pluripotent stem cells (iPS cells), and produced in the Human Cell  
and Tissue Core. Prior work has demonstrated that these cells and the organoids formed are  
near­physiological in their biological functions, thereby representing an experimental system that is superior to  
rodent models. The goal of Project 1, Aim 1A is to define the viral infection phenotypes for five cell types. Two  
types of viruses, produced in the MIT.HTMID Virology Core, will be used. First, we will study flaviviruses,  
including Dengue Fever Virus, West Nile Virus, and Zika Virus. Indeed, an important motivation for studying  
human brain tissue and viruses is to understand the pathogenesis of Zika virus infections, which are causing  
microcephaly and Guillain Barre syndrome worldwide. Second, we will use pseudotyped vesicular stomatitis  
viruses (VSV) to study entry of several encephalitic viruses, including Eastern Equine Encephalitis Virus  
(EEEV), Western Equine Encephalitis Virus (WEEV) and Venezuelan Equine Encephalitis Virus (VEEV). By  
replacing the VSV viral envelope with that of EEEV, WEEV, or VEEV, we are able to study virus entry in the 2D  
cells and 3D organoids. These experiments are highly significant  because EEEV, VEEV, and WEEV are  
select agents. Using pseudotyped select viruses and multiple relevant cell types will allow us to study virus  
tropism, pathology, and potential therapeutic targets. Project 1 Aim 1A will examine virus infection phenotypes;  
that is, we will analyze virus replication, cell viability, spontaneous electrical activity, transcriptome and  
secretome changes, and potential to differentiate to other cell types. This approach is significant because it will  
demonstrate which cell types are most susceptible to virus infections, also revealing similarities and differences  
among viruses that cause very different clinical diseases. In Project 1, Aim 1B, we propose to study virus  
infection in the context of the three dimensional human cerebral organoid tissue model. Our group may be  
unique in having the technical capacity to generate organoids that include microglia, which are the immune  
cells of the brain. Our goal will be to determine if activated microglia have protective roles by secreting factors  
that establish an antiviral environment. Alternatively, we will also test a hypothesis that microglia, upon  
infection with Zika virus, are ab...

## Key facts

- **NIH application ID:** 10141198
- **Project number:** 5U19AI131135-05
- **Recipient organization:** MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY
- **Principal Investigator:** Lee Gehrke
- **Activity code:** U19 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2021
- **Award amount:** $629,176
- **Award type:** 5
- **Project period:** 2017-04-01 → 2024-03-31

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/10141198

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 10141198, Project 1: Human tissue models to study infectious diseases: Human 2D and 3D neural cultures for studying virus tropism and infection phenotypes. (5U19AI131135-05). Retrieved via AI Analytics 2026-05-22 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/10141198. Licensed CC0.

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*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*