# Research Center for Cancer Systems Biology: Cancer Cell Map Initiative

> **NIH NIH U54** · UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO · 2021 · $1,943,088

## Abstract

THE CANCER CELL MAP INITIATIVE: 
A NATIONAL RESEARCH CENTER FOR CANCER SYSTEMS BIOLOGY 
OVERALL SUMMARY 
The Cancer Genome Atlas and sister projects have now completed analysis of over 10,000 tumor genomes, 
providing  a  catalog  of  the  gene  mutations,  copy  number  variants  and  other  genetic  alterations  that  cause 
cancer. In many cases it remains unclear, however, which are the key driver mutations or dependencies in a 
given cancer and how these influence pathogenesis and response to therapy. Although tumors of similar types 
and clinical outcomes can have patterns of mutations that are strikingly different, it is becoming apparent that 
these  mutations  recurrently  hijack  the  same  hallmark  molecular  pathways  and  networks.  For  this  reason, 
cancer  research  and  treatment  is  increasingly  dependent  on  knowledge  of  biological  networks  of  multiple 
types,  including  physical  interactions  among  proteins  and  synthetic­lethal  and  epistatic  interactions  among 
genes.  Here  we  seek  support  for  a  new  effort,  The  Cancer  Cell  Map  Initiative  (CCMI),  aimed  at 
comprehensively detailing these complex interactions among cancer genes and proteins and how they differ 
between  diseased  and  healthy  states.  The  CCMI  is  a  multi­campus  initiative  of  the  University  of  California, 
centered at UC San Francisco and UC San Diego, which leverages advanced network mapping, computational 
analysis and cancer research platforms developed by multiple CCMI investigators over the past decade. Thus 
primed, these platforms will be turned to efficiently generate, assemble and analyze cancer molecular networks 
with a view towards pathway and network­based personalized therapy. Specifically, over the next five years 
the CCMI will seek to catalyze major phase transitions in cancer research and therapy by (1) Comprehensively 
mapping  the  networks  of  physical  interactions  among  cancer  proteins,  revealing  the  protein  complexes  and 
higher­order  molecular  units  under  selection  in  cancer;  (2)  Mapping  the  parallel  networks  of  synthetic­lethal 
and epistatic interactions among cancer genes, revealing the functional logic of cancer; (3) Establishing the 
robust  computational  methodology,  end­user  software,  and  databases  for  assembly  and  use  of  cancer  cell 
network maps in both basic and clinical modalities; (4) Building a critical mass of leading cancer investigators 
worldwide  to  expand  CCMI  into  a  global  coordinated  partnership;  and  (5)  Training  the  current  and 
next­generation of scientists in Network Biology and its applications to cancer research.

## Key facts

- **NIH application ID:** 10142376
- **Project number:** 5U54CA209891-05
- **Recipient organization:** UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
- **Principal Investigator:** Trey Ideker
- **Activity code:** U54 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2021
- **Award amount:** $1,943,088
- **Award type:** 5
- **Project period:** 2017-05-11 → 2022-04-30

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/10142376

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 10142376, Research Center for Cancer Systems Biology: Cancer Cell Map Initiative (5U54CA209891-05). Retrieved via AI Analytics 2026-05-23 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/10142376. Licensed CC0.

---

*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*