# Functional Genomics

> **NIH NIH U54** · UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO · 2021 · $168,069

## Abstract

CORE 1: FUNCTIONAL GENOMICS 
SUMMARY  
The objective of the Functional Genomics Core (FGC) is to provide cutting­edge and innovative technologies 
for  the  functional  characterization  of  the  genome  in  a  reliable,  reproducible  and  cost­efficient  manner.  It  will 
support ​Project 1 ​and Project 2 by facilitating proteomics experiments, including mapping of physical protein 
interactions, and CRISPR experiments, including mapping of genetic interactions. In particular, the FGC will 
perform  mass  spectrometry  characterization,  CRISPR  gene  editing,  CRISPRi  and  CRISPRa  screening,  and 
provide expertise in data processing for these experimental platforms. This core will be comprised of three well 
established facilities: the Thermo Fisher Scientific Proteomics Facility for Disease Target Discovery located at 
the J. David Gladstone Institutes, the UCSD Institute for Genomic Medicine (IGM) Genomics Center and the 
UCSD Center for Computational Biology & Bioinformatics (CCBB). Additionally, we propose to create a new 
CRISPR screening core that leverages the Mali lab’s ​foundational expertise in genome engineering. 
The FGC core will be led by two pioneers in the fields of functional genomics, Drs. Krogan and Mali, who will 
employ  state­of­the­art  techniques,  many  of  which  were  developed  or  optimized  in  their  respective  labs. 
Co­Investigator Alan Ashworth, an internationally recognized expert in breast cancer genomics and one of the 
first  to  demonstrate  the  therapeutic  promise  targeting  synthetic  lethal  interactions  in  cancer,  will  contribute 
expertise in target selection. Dr. Ashworth’s input will ensure that considerations of translational impact will be 
incorporated  at  all  stages  of  experimentation.  FGC  technologies  will  be  used  extensively  by  ​Project  1  ​and 
Project 2​. The FGC will not only enable Center investigators to accomplish the individual aims of this proposal, 
it will also serve as a resource to the wider scientific community by disseminating new assays and protocols.

## Key facts

- **NIH application ID:** 10142440
- **Project number:** 5U54CA209891-05
- **Recipient organization:** UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
- **Principal Investigator:** Nevan J Krogan
- **Activity code:** U54 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2021
- **Award amount:** $168,069
- **Award type:** 5
- **Project period:** 2017-05-11 → 2022-04-30

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/10142440

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 10142440, Functional Genomics (5U54CA209891-05). Retrieved via AI Analytics 2026-05-23 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/10142440. Licensed CC0.

---

*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*