# An integrative approach to identify neuroblastoma immunotherapeutic targets

> **NIH NIH F31** · UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA · 2020 · $27,462

## Abstract

Project Summary 
  
Neuroblastoma  (NB)  is  an  often  fatal  form  of  childhood  cancer  caused  by  aberrant  development  of  the 
sympathetic  nervous  system  (1).  The  majority  of  patients  have  widely  disseminated  disease  at  diagnosis,  and 
despite intense multi-­modal therapy, the survival rate for high-­risk NB remains less than 50%, and relapsed NB 
is almost universally incurable. There is an urgent and unmet need to improve the outcomes of children with NB, 
which  constitutes  our  long-­term  goal.  Recently,  antibody-­based  immunotherapeutic  targeting  of  GD2  in  NB 
showed significant survival advantages in a phase III trial, and is now being administered to help prevent disease 
recurrence (2). However, identification of ideal anticancer agents that specifically target tumor cells and minimize 
adverse effects resulting from injury to healthy cells remains a significant challenge in solid tumors, including NB 
where GD2 also expressed on pain fibers. Our objective here is to identify and deliver new immunotherapeutic 
targets  for  high-­risk  and/or  relapsed  NB.  Our  central  hypothesis  is  that  an  integrative  proteogenomic  strategy 
utilizing  highly  annotated  patient-­derived  NB  samples  coupled  with  rigorous  experimental  validation  will  define 
clinically actionable immunotherapeutic targets with a large therapeutic index. Our initial studies have identified 
DLL3, CNTN1, GFRA2, UNC5C and ADAM22 as proteins preferentially expressed on the cell surface of NB. We 
will  build  on  these  data,  and  test  our  central  hypothesis  in  specific  aims:  (1)  Define  the  cell  surface  protein 
landscape of high-­risk and relapsed NB using DNA/RNA-­sequencing and mass spectrometry (MS). Specifically, 
we will profile 10 NB patient-­derived cell lines and 20 NB tumors (10 patient derived xenografts, 5 primary and 5 
relapse  patient  tumors)  by  MS.  Computational  integration  of  proteomic  and  transcriptomic  with  UniProt 
annotations  have  allowed  us  to  filter  lowly  expressed  proteins  and  those  lacking  an  extracellular  domain.  In 
addition, RNA-­sequencing data (2,242 NB primary and relapsed tumors and 7,859 normal tissues) allows us to 
ensure no, or minimal, expression in normal tissues and prioritize candidate targets for further study. (2) Validate 
and  assess  biological  relevance  of  candidate  immunotherapeutic  targets.  Here,  we  will  verify  cell  surface 
expression of candidate targets (see preliminary data) using a combination of western blot, immunofluorescence 
(IF),  flow  cytometry  and  immunohistochemistry  (IHC).  We  will  validate  cell  surface  expression  in  a  panel  of 
normal tissues and NB samples by staining tissue microarrays (TMA) in collaboration with the CHOP Pathology 
Core.  To  determine  the  biological  relevance,  we  will  perform  in  vitro  studies  following  genetic  manipulation  of 
candidate genes including CNTN1. This work...

## Key facts

- **NIH application ID:** 10238735
- **Project number:** 5F31CA225069-03
- **Recipient organization:** UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA
- **Principal Investigator:** Amber Hamilton
- **Activity code:** F31 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2020
- **Award amount:** $27,462
- **Award type:** 5
- **Project period:** 2018-08-01 → 2021-05-17

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/10238735

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 10238735, An integrative approach to identify neuroblastoma immunotherapeutic targets (5F31CA225069-03). Retrieved via AI Analytics 2026-05-24 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/10238735. Licensed CC0.

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*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*