# Rewiring of regulatory networks by endogenous retroviruses

> **NIH NIH R35** · UNIVERSITY OF COLORADO · 2021 · $125,000

## Abstract

Project summary 
 Endogenous  retroviruses  (ERVs)  are  ubiquitous  genomic  parasites  originating  from  ancient  infectious 
retroviruses,  and  constitute  8%  of  the  human  genome.  Large-­scale  genomic  studies  have  revealed  ERVs  as 
major source of transcriptional regulatory elements in mammalian cells, suggestive of an extensive role in driving 
the evolution of gene regulatory networks in both health and disease. However, the specific consequences and 
biological significance of ERV regulatory activity remains controversial and not well understood. The proposed 
research seeks to investigate emerging roles for ERVs in (1) the evolution of immune regulatory networks and 
(2)  gene  dysregulation  in  cancer.  First,  we  will  investigate  a  potentially  fundamental  role  for  ERVs  driving 
regulatory  evolution  of  innate  immune  responses  in  mammals,  through  genome-­wide  epigenetic  and 
transcriptional profiling of the interferon response in cells derived from diverse mammalian species. This work is 
positioned  to  uncover  a  recurrent  role  for  ERVs  in  regulating  immune  pathways,  which  may  reveal  pervasive 
underappreciated  differences  in  immune  responses  across  species.  In  a  second  line  of  research,  we  seek  to 
investigate how the epigenetic derepression of ERVs in cancer contributes to pathological gene expression. The 
transcriptional  reactivation  of  ERVs  is  a  hallmark  of  many  cancers,  but  their  potential  contribution  to disease 
remains  poorly  understood.  We  will  investigate  how  reactivated  ERVs  might  cause  widespread  regulatory 
dysfunction  as  a  global  source  of  cancer-­specific  promoters,  enhancers,  and  noncoding  RNAs.  Focusing  on 
colorectal cancer as a model, we will repurpose pooled CRISPR screening to investigate how reactivated ERVs 
regulate  phenotypes  contributing  to  oncogenesis.  Our  interdisciplinary  approach  synthesizes  functional 
genomics,  genome  engineering,  evolution,  and  disease  to  form  a  comprehensive  platform  for  deciphering  the 
consequences of ERVs on mammalian biology.

## Key facts

- **NIH application ID:** 10389698
- **Project number:** 3R35GM128822-04S1
- **Recipient organization:** UNIVERSITY OF COLORADO
- **Principal Investigator:** Edward Bo-yi Chuong
- **Activity code:** R35 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2021
- **Award amount:** $125,000
- **Award type:** 3
- **Project period:** 2018-08-01 → 2023-07-31

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/10389698

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 10389698, Rewiring of regulatory networks by endogenous retroviruses (3R35GM128822-04S1). Retrieved via AI Analytics 2026-05-22 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/10389698. Licensed CC0.

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*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*