# Bioinformatics

> **NIH NIH U54** · UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO · 2020 · $152,538

## Abstract

CORE 2: BIOINFORMATICS INFRASTRUCTURE AND SERVICES 
SUMMARY 
The  Bioinformatics  Infrastructure  and  Services  Core  will  support  the  three  CCMI  projects  at  all  stages  of 
research  and  publication.  The  core  will  be  composed  of  three  major  components:  Cytoscape  and  the 
Cytoscape  Cyberinfrastructure  (CI);  the  Network  Data  Exchange  (NDEx);  and  the  CCMI  Data  and  Analysis 
Portal. First, Cytoscape will provide a range of tools for the analysis and visualization of biological networks, 
including  the  protein­protein  interaction  networks  from  ​Project  1​,  the  genetic  interaction  networks  from 
Project 2​,  and  the  hierarchical  cancer  cell  ontologies  and  models  from  ​Project  3​.  The  second  component, 
NDEx, will provide database infrastructure to support the sharing, review and dissemination of network data 
and models. It will also enable consolidated access to public biological network resources for use by CCMI 
investigators. Finally, the CCMI Data and Analysis Portal will provide a common access point for software tools 
and  pipelines  and  for  their  associated  data.  This  component  will  be  supported  by  GenePattern  Notebooks, 
which will facilitate the development of workflow pipelines and the sharing and reproducibility of analyses. The 
above three components – visual network maps in Cytoscape, storage of networks and models in NDEx, and 
software and analysis workflows in GenePatte​ rn Notebooks – will all be made accessible through the CCMI’s 
website (ccmi.org). Publications using CCMI products will be enhanced by the recent additions to Cytoscape 
for  dynamically  embedding  network  data  in  peer­reviewed  journals.  Finally,  the  Core  will  draw  on  an 
impressive array of hardware infrastructure for supercomputing, including high performance clusters at multiple 
sites.

## Key facts

- **NIH application ID:** 9953992
- **Project number:** 5U54CA209891-04
- **Recipient organization:** UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
- **Principal Investigator:** Trey Ideker
- **Activity code:** U54 (R01, R21, SBIR, etc.)
- **Funding institute:** NIH
- **Fiscal year:** 2020
- **Award amount:** $152,538
- **Award type:** 5
- **Project period:** — → —

## Primary source

NIH RePORTER: https://reporter.nih.gov/project-details/9953992

## Citation

> US National Institutes of Health, RePORTER application 9953992, Bioinformatics (5U54CA209891-04). Retrieved via AI Analytics 2026-05-22 from https://api.ai-analytics.org/grant/nih/9953992. Licensed CC0.

---

*[NIH grants dataset](/datasets/nih-grants) · CC0 1.0*